培养目标：
生物工程方向主要培养目标：掌握生物工程领域的基础理论、先进技术方法和手段，具有创新意识和独立从事工程设计、工程实施、工程研究、工程开发、工程管理等能力；具有进行生物技术制药、医用生物技术等方面的疫苗研发、产品开发、疫苗工艺设计、药品检查等开发、应用和研究能力，能在能源、生物医药、轻工、环保等行业企业从事与生物工程相关的高层次工程技术、工程管理和高等工程教育教学人才。
制药工程方向主要培养目标：掌握现代化学、生物学、医药学和工程学等学科的基本理论和技术；掌握化学合成药物、天然药物、抗生素、基因工程药物、生化药物、生物制品、中药等药物制品的生产工艺、生产设备和生产管理；具备较高的综合素质、创新能力和适应能力，能够独立担负制药领域工程技术或工程管理工作；为我国医药企业、医药事业单位、政府医药管理部门等培养应用型、复合型高层次工程技术和工程管理人才。
生物环境工程方向主要培养目标：具备扎实的环境工程与生物学科的基础理论和宽广的专业知识；掌握污染物对生物降解的作用及毒理效应以及物理、化学、生物修复技术与环境因素的耦合关系；能够熟练运用生物技术的方法，开展污染水体、土壤、湿地生态、空气污染等修复与重建，进行农、林、加工业等的有机废弃物资源化技术研究与开发，开展生物环境技术在农业、工业等资源开发方面的技术研究与应用；具有独立从事科学研究和承担专门技术工作的能力，适应生物环境工程教学、科研、设计、生产和管理等多种岗位的需求。
